К обязательным элементам системы функционирования государственного финансового контроля относятся:
субъект контроля;
объект контроля;
предмет контроля;
принципы контроля;
метод (методики) контроля;
техника и технология контроля;
процесс контроля, сбор и обработка исходных данных для проведения контроля, результат контроля и затраты на его осуществление, принятие решения по результатам контроля.

Все элементы контроля в процессе установления истинных результатов взаимодействуют как единое целое.

Субъект контроля не является раз и навсегда данным, поскольку предмет его деятельности — объект контроля — находится в постоянной динамике. Субъект контроля (кто контролирует) — это орган контрольной системы (орган контроля), соответствующая организация — носитель контрольной функции. В своей деятельности субъект контроля определяет состояние и поведение объекта контроля, методы контроля, его предмет, вид контроля и объект контроля.

Должная организация контрольной деятельности любого субъекта — это правовое закрепление за ним определенной группы объектов, объединенных известным единством их назначения, четкое установление границ контрольной деятельности данного субъекта в целях пресечения дублирования в осуществлении контрольной деятельности.

Обязанности, возложенные на субъекты контроля, должны вытекать из целей, которых стремятся достигнуть при создании контрольных органов, и полностью им соответствовать.

Объект контроля (кого контролируют) определяется в зависимости от субъекта контроля. Объектами государственного финансового контроля являются все независимо от организационно-правовых форм и видов деятельности получатели (пользователи) финансовых ресурсов, федеральные органы исполнительной власти, отвечающие за реализацию финансовой политики, кредитно-денежные учреждения, инвестиционные институты, привлекающие и использующие средства государства.

Предметом контроля являются основные характеристики состояния и поведения объекта контроля (то, что контролируют).

Непосредственно в качестве предмета государственного финансового контроля выступают все этапы бюджетного процесса (составление, рассмотрение, утверждение, исполнение бюджета, составление и утверждение отчета об его исполнении), поступления налоговых и других платежей в бюджет, отчисления во внебюджетные фонды, постановка бухгалтерского учета и отчетности, целевые бюджетные фонды, дотации, субсидии, субвенции, трансферты, бюджетные кредиты и т.д.

Предметом финансового контроля является бюджет, контроль за внебюджетными фондами, налоговый, валютный, кредитный, страховой и инвестиционный виды контроля, а также контроль за денежной массой.

Принципы государственного финансового контроля — это научно разработанные и апробированные практикой политические, организационные и правовые основы организации контроля, которые обеспечивают его эффективность. Принципы финансового контроля определяют общие правила и целенаправленность контрольной деятельности в финансовой сфере.

Например, Федеральным законом «О Счетной палате Российской Федерации» от 11 января 1995 г. № 4-ФЗ определено, что Счетная палата Российской Федерации осуществляет свою деятельность на основе принципов законности, независимости, объективности и гласности.

Законность — один из основных принципов деятельности органов финансового контроля, так как сфера их деятельности в первую очередь – это законность использования государственных и муниципальных финансовых и материальных ресурсов.

На основе многолетнего опыта в мире разработаны основные принципы организации государственного финансового контроля, к реализации которых стремится каждое современное цивилизованное государство. К ним относятся независимость и объективность, компетентность и гласность.

Независимость органов финансового контроля как на государственном, так и на муниципальном уровне должна быть закреплена законодательно. Этот принцип является одним из основных условий осуществления эффективного финансового контроля.

Независимость финансового контроля должна быть обеспечена финансовой самостоятельностью контрольного органа.

Объективность и компетентность подразумевают неукоснительное соблюдение проверяющими контролерами действующего законодательства, высокий профессиональный уровень их работы на основе строго установленных стандартов проведения ревизионной работы.

Гласность предусматривает постоянную связь контрольных органов с общественностью и средствами массовой информации.

Гласность присуща контрольным финансовым органам и в том смысле, что они отражают прямо или опосредствованно интересы людей как главных налогоплательщиков, которые должны владеть информацией об использовании своих средств.

Из этих основных базовых принципов вытекают следующие:
системность и плановость, коллегиальность и единоначалие, результативность, неподкупность субъектов контроля, согласованность действий различных контролирующих органов, финансовая дисциплина и финансовые санкции, оперативность и действенность контроля.